第一章 宫本武藏
机时刻，一个大叔救了遥出来，并告诉她“到祗园去找桐生一马之介就行了”，但并没有告诉她杀她全家的凶手就是宫本武藏。而遥拿着的那把刀则被她认定为凶手所用，通过在近江的小镇上打听，遥得知手中的刀是宫本武藏的，所以才认定宫本武藏就是凶手。
而桐生则以“不认识宫本武藏”为由再次拒绝了遥的请求。
此时故事追溯到序章剧情发生之前的5年。宫本武藏（也就是桐生）正在自己的武馆教导学生剑术，此时德川家剑术师范丸目長恵，以委托为名来到宫本武藏经营的道场。丸目要求宫本参加一个试验，并希望宫本能够跟随他为德川家效力，而试验的内容则是和丸目打一场，以测试宫本的实力。虽然在与丸目的较量中败下阵来，但宫本对战斗的强烈好奇心却引起了丸目的兴趣。以丸目的话说，就是“宫本具有一个剑士应该有的素质，和对杀人强烈的欲望”。于是桐生便跟随丸目加入了东军，也就是德川家的部队。
在一次大战的前夜，德川家的武士们聚在一起喝酒，而宫本则因为拒绝真岛五六八敬酒的要求与其起了冲突，在两人打得不可开交时，丸目出现并阻止了两人。随后一名名叫天海的僧人出现，从丸目对其的态度来看，天海应该是德川手下的重臣。
随后，丸目宣布了一个危险性极高的秘密暗杀一名“叛徒”的任务，宫本自愿前去，就这样，他与一同被丸目雇来充当杀手的剑客真島五六八一起，秘密潜入到了暗杀目标所居住的房屋准备行动……
暗杀任务虽然成功，但宫本却没有想到暗杀的“叛徒”竟然是德川的儿子——结成秀康，并且结成死前留下了一句“一定要帮他把弟弟从天海手里救出来的遗言”。此时，两人的行踪被发现，随后，宫本和真岛两人逃到了事先和丸目约好的一座旧寺庙里。
